Volte ao centro de pesquisa para desenvolver o mutagênico que inventou o malicioso Shredder. Essa aberração, criada por um laboratório, é protegida por vários robôs que destroem qualquer um que gravita em torno de mutagênicos. Pegue uma das lendas e entre e tente coletar todo o material que você acabou de encontrar. Ele caminha pelos longos corredores e pela sala espaçosa, evitando tiros e coletando pizza para se encher de prosperidade. Procure uma substância e observe o tempo pelo qual você realmente deseja completar a missão. Em Collect and Conquer você escolhe sua tartaruga ninja número um Teenage Mutant Ninja Turtle. Antes que o relógio chegue a zero, colete todos os mutagênicos e execute um kraang que interfira com você.