Em um mundo distante, um conflito eclodiu entre as duas sociedades alienígenas. Você no jogo Clash Of Aliens vai junto com um deles e ordenará os militares. Sua armada deve se juntar à batalha contra o grupo de navios inimigos. Você verá seu transporte principal à sua frente na tela. Abaixo dele estará o painel. Com ele você enviará seus pilotos para lutar em seus barcos. Eles, se atacarem o oponente, irão destruí-lo e para isso lhe darão focos.